Ima vrlo malo stanja koja predstavljaju kontraindikaciju za transplantaciju kose. Najčešći su nerealna očekivanja pacijenta, kada pacijent želi suviše nisku prednju liniju kose ili bilo kakav izgled kose koji se ne uklapa uz njegovo lice, onda kada je davajuća regija suviše mala, a želja za određenim brojem dlaka suviše velika.
Gubitak kose kod žena se ne može uvek rešavati transplantacijom kose, pa treba napraviti dobru selekciju pacijenata.
Neka kožna obolenja su takodje kontraindikacija za transplantaciju kose, a to su diskiodni lupus, lichen planopilaris, psorijaza, alopecije areata (u aktivnoj fazi).
Određena sistemska stanja predstavljaju relativnu kontraindikaciju za transplantaciju kose, a neka su dijabetes, poremećaji koagulacije, sklonost slabom zarastanju rana ili stvaranju keloidnih ožiljaka.